Enquanto exerceu o cargo de presidente da Câmara do Porto, Rui Rio foi constituído arguido pelo Ministério Público (MP) umas oito vezes, em processos-crime que acabaram sempre arquivados. Queixas infundadas, quase todas relacionadas com meras decisões de gestão, com o objetivo de corrigir procedimentos prejudiciais ao município, alguns até fraudulentos. Em dois casos foi acusado, pela mesma procuradora, por factos que não constituíam quaisquer crimes, como vieram a decidir os juízes de instrução.