Dia 9 de Abril vai ser anunciada a decisão instrutória. Basicamente, o juiz Ivo Rosa vai decidir se o processo segue para julgamento e, se sim, relativamente a que arguidos e por que crimes. O caso pode ser arquivado para todos ou só para alguns arguidos e prosseguir para outros. O ex-primeiro-ministro José Sócrates pode, por exemplo, ser julgado por fraude fiscal e branqueamento de capitais, mas ver cair as acusações de corrupção.

Se o juiz de instrução se limitar a confirmar a acusação, o seu despacho é irrecorrível. Mas se este validar umas partes e outras não, pode haver recurso pelo menos por parte do Ministério Público. As defesas tem as hipóteses de recurso limitadas, mas podem sempre invocar nulidades. Várias decisões tomadas por Ivo Rosa ao longo da instrução, nomeadamente uma alteração não-substancial dos factos que constam da acusação, apontam para que o juiz não vá confirmar a acusação como um todo, o que significa que a decisão final sobre quem irá a julgamento e por que crimes deverá ficar na mão de juízes do Tribunal da Relação de Lisboa.

Formalmente, o inquérito que ficou conhecido como Operação Marquês e no qual José Sócrates é a figura central foi aberto em Julho de 2013, na sequência de uma comunicação bancária da Caixa Geral de Depósitos ao Departamento Central de Investigação e Acção Penal (DCIAP), no âmbito da legislação de prevenção de branqueamento de capitais. Porém, os primeiros volumes do processo permitem perceber que a investigação começou no processo Monte Branco (iniciado em 2011), no qual foram detectados vários movimentos avultados em nome de Carlos Santos Silva, amigo de longa data de José Sócrates e, na tese do Ministério Público, seu testa-de-ferro, que chegou a ser escutado no âmbito do Monte Branco.

É comum quando as autoridades lançam uma grande operação de buscas e detenções usarem um nome de código. Operação Marquês foi o nome escolhido para o conjunto de diligências que culminaram na detenção de quatro pessoas. Primeiro, o empresário Carlos Santos Silva; um colaborador deste, o advogado Gonçalo Trindade; o então motorista de Sócrates, João Perna e o ex-primeiro-ministro. O nome terá sido escolhido devido à proximidade da então residência de José Sócrates, um apartamento no edifício Heron Castilho, na rua Braamcamp, a umas dezenas de metros da praça do Marquês de Pombal.

Este processo conta actualmente com 28 arguidos (19 pessoas e nove empresas). A figura central é José Sócrates, mas no rol de acusados há outros nomes sonantes, como o antigo banqueiro Ricardo Salgado, os ex-gestores da PT Zeinal Bava e Henrique Granadeiro, além do ex-ministro socialista Armando Vara ou do antigo vice-presidente do grupo Lena.