A tomada do poder na Universidade Moderna pela família Braga Gonçalves, apoiada numa estrutura externa, e os jogos de influência política, económica e social, são aspectos chave do julgamento do "caso Moderna", que começa a 10 de Abril.

O julgamento dos 13 arguidos, no Tribunal Criminal do Monsanto, Lisboa, pelo colectivo de juízes formado por Manuela Barracosa, Ricardo Cardoso e Jorge Raposo, não esgota o "caso Moderna", uma vez que há processos autónomos ainda em investigação relacionados com "um caldeirão de factos" em que entram o alegado tráfico de influências, armas e financiamento de partidos políticos.

Neste processo principal, o ex-reitor da Moderna José Júlio Gonçalves, os seus filhos João e José Braga Gonçalves, José Vitoriano (secretário) e Esmeraldo Azevedo (tesoureiro), os últimos quatro em prisão preventiva, bem como outros oito arguidos, incluindo o antigo subsecretário de Estado da Cultura Sousa Lara, respondem por crimes que vão desde a associação criminosa até gestão danosa, passando por apropriação ilícita, burla, falsificação e corrupção.

Para a acusação, a partir de 1996 o ex-reitor e os seus filhos João e José actuaram em conjunto, "de forma organizada e planeada", para retirarem "para si grande parte dos recursos económicos gerados pela Dinensino/Universidade Moderna". Para tal, organizaram uma estrutura externa de apoio assente no escritório de advocacia de José Braga Gonçalves (no Espaço Chiado), na manutenção de sociedades "offshore" e numa força de segurança privada (Charon), bem como na contratação de outros elementos de segurança, designadamente José Esteves e Marcelino da Mata.

O clã Braga Gonçalves conseguiu afastar cooperadores e membros da direcção da universidade, assumindo o controlo da Assembleia Geral da Dinensino e da Moderna.

Dominando completamente a direcção (órgão de administração da Dinensino), segundo a acusação, o ex-reitor, os filhos João e José, Esmeraldo Azevedo, José Vitoriano, Sousa Lara e Carlos Fernandes "praticaram, em nome da cooperativa, actos estranhos ao seu objecto, fazendo investimentos para além do objecto da mesma, utilizando créditos, bens e dinheiro, em benefício própria e de terceiros", que em alguns nada tinham a ver com a Moderna.

Estes arguidos são ainda acusados de exigirem comissões a fornecedores da Dinensino, designadamente na realização de obras e contratos de publicidade, que eram entregues em dinheiro ou em cheque a José Braga Gonçalves.