São necessárias medidas de fundo, reclama João Cordeiro, para evitar que as dívidas se acumulem novamente. Apesar de o novo Orçamento permitir que o Ministério da Saúde pague as suas dívidas às farmácias e aos laboratórios, João Cordeiro antecipa: "A partir da data em que nos pagarem vai-se iniciar um novo ciclo de dívida, e isto é um circulo vicioso. Julgo que é importante é que as diversas entidades do Ministério da Saúde sejam obrigadas a cumprir os seus orçamentos anuais.”João Cordeiro frisou que as dívidas estão a fazer com que a situação financeira de muitas farmácias seja aflitiva.

As principais causas da pesada factura que os credores do Governo acenam ao Ministério da Saúde são de díficil identificação. Além de uma conjuntura internacional e demográfica propícia, as principais culpas apontadas são geralmente ao subfinanciamento do sistema português e à má gestão das verbas do Serviço Nacional de Saúde. As principais dívidas são ao sector farmacêutico e podem chegar aos 300 milhões de contos, de acordo com as recentes estimativas.A ANF tem, desde 1997, um acordo com a tutela em que este se compromete a pagar a 70 dias as suas dívidas, prazo que não tem sido cumprido. No total dos pagamentos aos devedores, o Tribunal de Contas apurou que o Estado pagou, em 1998, seis milhões de juros por atraso no pagamento de dívidas a entidades prestadoras de cuidados de saúde e farmácias.
Terça-feira vieram a público as considerações do grupo de trabalho criado pela ministra e que tem como função analisar e criar formas de regularizar as dívidas dos hospitais públicos às farmacêuticas. Os especialistas propõem que os hospitais devem saldar a sua dívida à indústria farmacêutica - os laboratórios - contraída no ano passado, no valor de 86,5 milhões de contos (431,4 milhões de euros), a partir dessa data e até Setembro, recorrendo ao reforço dos orçamentos do Governo às unidades hospitalares, sendo que se esse esquema não for cumprido, essa tornar-se-ia dívida pública.