Os secretários de Estado são as principais vítimas das alterações do executivo da coligação PSD/CDS.

O primeiro-ministro tem uma peculiar forma de alterar o seu Governo. São os secretários de Estado as principais vítimas das alterações do gabinete. Só na remodelação após a crise política de Julho passado, com a criação do cargo de vice-primeiro-ministro,  do ministério do Ambiente , Ordenamento do Território e  Energia, e a separação da área do Emprego da pasta da Economia, houve mudanças de vários ministros.

13/03/2012
O secretário de Estado da Energia, Henrique Gomes, demitiu-se da Secretaria de Estado da Energia. Henrique Gomes, que foi substituído por Artur Trindade, director do serviço de custos e proveitos da Entidade Reguladora dos Serviços Energéticos (ERSE), já era alvo de críticas há vários meses, devido à promessa de revisão dos subsídios entregues à indústria eléctrica, como as empresas de energia eólica e a co-geração. A EDP era uma das principais visadas nesta reestruturação que constava entre as medidas que a troika tinha introduzido no memorando de entendimento.

26/10/2012
A saída do secretário de Estado da Cultura, Francisco José Viegas, por motivos de saúde, acabou por arrastar mais duas substituições. Viegas foi substituído por Jorge Barreto Xavier, ex-director-geral das Artes. A secretária de Estado do Ensino Básico e Secundário, Isabel Silva Leite, saiu do Governo por motivos pessoais, e João Grancho, director regional da Educação do Norte, foi o seu sucessor. Também a nível das secretarias de Estado, as duas pastas do Tesouro e das Finanças, até então acumuladas por Maria Luís Albuquerque, foram separadas. Albuquerque passou a ser apenas responsável pelo Tesouro. Manuel Rodrigues, vice-presidente do PSD, ficou com a nova Secretaria de Estado das Finanças.

01/02/2013
Mais seis mexidas nas secretarias de Estado. O secretário de Estado da Administração Local e da Reforma Administrativa, Paulo Júlio, apresentou o seu pedido de demissão, na sequência de suspeitas de um crime de prevaricação que teve lugar em 2008 – depois de arquivado pelo Ministério Público. Substituiu-o Ana Rita Barosa, administradora de diversas empresas do grupo Banco Espírito Santo. O secretário de Estado do Emprego, Pedro Silva Martins, abandonou a pasta sob fogo cerrado, depois de ter sido acusado de ser inflexível nas negociações com os parceiros sociais. Foi escolhido o antigo secretário-geral adjunto da UGT Pedro Roque como seu substituto. Carlos Nuno Oliveira deixa a pasta do Empreendedorismo, Competitividade e Inovação por motivos pessoais, e Franquelim Alves, antigo director do Banco Português do Atlântico (BPA), foi nomeado como o seu substituto. No Turismo, Cecília Meireles é substituída por Adolfo Mesquita Nunes, e nas Florestas e do Desenvolvimento Rural, sai Daniel Campelo e entra o engenheiro agrónomo Francisco Gomes da Silva. No Ambiente e Ordenamento do Território sai Pedro Afonso de Paulo e entra Paulo Silva Lemos, e é criada a pasta da Alimentação e Investigação Agro-alimentar, atribuída a Nuno Vieira e Brito, antigo director-geral de Veterinária.

13/04/2013
A demissão de Miguel Relvas, um dos membros mais polémicos do executivo de Pedro Passos Coelho, levou a uma verdadeira mas pequena remodelação governamental. A pasta de ministro adjunto e dos Assuntos Parlamentares, que era da responsabilidade de Relvas, é desdobrada em duas: ministro da Presidência e dos Assuntos Parlamentares, pasta ocupada por Marques Guedes, e ministro adjunto e do Desenvolvimento Regional, cujo titular passa a ser Miguel Poiares Maduro.

22/04/2013
Almeida Henriques e Ana Rita Barosa abandonam as secretarias de Estado que ocupavam, Economia e Desenvolvimento Regional, e Negócios Estrangeiros e Cooperação, respectivamente. Entram Manuel Castro Almeida como secretário de Estado do Desenvolvimento Regional e António Leitão Amaro como secretário de Estado da Administração Local.

02/07/2013
A demissão de Vítor Gaspar, ministro de Estado e das Finanças, e a escolha de Maria Luís Albuquerque para a pasta levaram também à demissão do ministro dos Negócios Estrangeiros, Paulo Portas, pouco antes da tomada de posse da nova equipa das Finanças. Mesmo com a crise política iminente, Cavaco Silva deu posse a Hélder Gomes dos Reis e Joaquim Pais Jorge como secretário de Estado do Orçamento e Secretário de Estado do Tesouro, respectivamente.

24/07/2013
Depois de semanas de crise política, e de ter falhado o “compromisso de salvação nacional” com o maior partido da oposição pedido pelo Presidente da República, Cavaco Silva acabou por ter de aceitar a primeira grande remodelação do actual Governo. Passos Coelho dividiu os megaministérios da Economia e da Agricultura. Jorge Moreira da Silva tornou-se o novo responsável pelo recém-criado Ministério do Ambiente, Ordenamento do Território e Energia. Paulo Portas sobe a vice-primeiro-ministro e a sua antiga pasta, Negócios Estrangeiros, é ocupada por Rui Machete. Já a pasta da Economia vê Álvaro dos Santos Pereira sair, sendo substituído por Pires da Lima, que vê o seu novo ministério perder a pasta do Emprego para a Solidariedade e Segurança Social de Mota Soares, assim como a pasta da Energia para o novo Ministério do Ambiente, Ordenamento do Território e Energia. Assunção Cristas mantém-se como ministra da Agricultura e do Mar. As secretarias de Estado dos ministérios envolvidos foram também alteradas, com a entrada de oito novas caras. Na Economia, Pires de Lima chamou Leonardo Mathias para secretário de Estado adjunto, além de Pedro Gonçalves, que substituiu Franquelim Alves na pasta do Empreendedorismo. No novo Ministério da Energia e Ambiente foi criada uma secretária de Estado, a do Ordenamento do Território e da Conservação da Natureza, tutelada pelo estreante Miguel de Castro Neto. Outras mudanças implicaram a substituição de Marco António Costa, que deixou a cadeira de secretário de Estado da Segurança Social para Agostinho Branquinho; na Educação, Pedro Roque sai do Executivo, depois de ter substituído Pedro Miguel Silva Martins em Fevereiro deste ano. Será substituído por Octávio Félix de Oliveira. Na Educação, José Alberto Nunes Ferreira Gomes substitui João Filipe Queiró. E o até então deputado do PSD Luís Campos Ferreira substitui Francisco Almeida Leite como secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Cooperação. Bruno Maçães, assessor político de Passos Coelho, passa a secretário de Estado dos Assuntos Europeus, substituindo Miguel Morais Leitão, que foi para o gabinete do vice-primeiro-ministro Paulo Portas.

7/08/2013
O secretário de Estado do Tesouro Joaquim Pais Jorge acabou por se demitir de secretário de Estado do Tesouro devido à polémica dos swaps, tendo sido substituído por Isabel Castelo Branco.