A primeira decisão do Tribunal Central de Instrução Criminal tomada em Junho de 2008 previa já que o autarca, o jornalista Fernando Trigo e outros três arguidos fossem a julgamento. O recurso sobre o despacho de pronúncia do juiz Carlos Alexandre foi apreciado pelo Tribunal da Relação de Lisboa, que confirmou a decisão.

Isaltino Morais terá de responder por um crime de participação económica em negócio, três de corrupção passiva para acto ilícito, um de branqueamento de capitais, um de abuso de poder e outro de fraude fiscal, ainda de acordo com o mesmo jornal. O presidente da Câmara Municipal de Oeiras foi constituído arguido em Junho de 2005, num processo relacionado com contas bancárias na Suíça (não declaradas ao fisco nem ao Tribunal Constitucional) e, também, num banco de Bruxelas.

O autarca esteve à frente da autarquia de Oeiras durante 16 anos mas deixou o cargo para tutelar o ministério das Cidades, Ordenamento do Território e Ambiente do Governo de Durão Barroso. Contudo, em Abril de 2003 deixou o lugar por ter vindo a público que estava a ser investigado pelo DCIAP. Apesar deste processo, Isaltino recuperou o seu lugar na autarquia como candidato independente nas eleições de 2005.