Depois de terem passado cerca de quatro horas sobre o acidente, as operações de socorro e resgate de vítimas prosseguiam no Terminal 4 do aeroporto de Barajas, onde às 14h35 (13h45 em Lisboa) o avião que assegurava o voo JK5022 da Spanair, entre Madrid e Las Palmas, se despenhou na pista 36L após a descolagem.

O número de vítimas mortais tem aumentado nas últimas horas, tendo a delegação do Governo espanhol em Madrid elevado para pelo menos 100 os mortos do acidente, enquanto as equipas de socorro confirmaram que apenas 27 pessoas foram resgatadas com vida do aparelho, tendo uma delas não sobrevivido. Os 26 sobreviventes foram transportados para seis hospitais da região de Madrid, 19 deles em estado considerado crítico devido a queimaduras sofridas no acidente. O canal de televisão CNN+ avançou que onze dos feridos estão no Hospital de La Paz, sete no Ramon y Cajal, três no 12 de Octubre, dois no La Princesa, dois no Infanta Sofia e um no Niño Jesus.

A lista de passageiros não foi divulgada pela Spanair, mas a companhia aérea alemã Lufthansa, que partilhava o voo com a empresa espanhola para as Canárias, avançou que tinha sete passageiros com bilhetes no avião sinistrado, quatro deles de nacionalidade alemã. Em comunicado, a companhia sublinha que não foi possível confirmar se estavam ou não a bordo do aparelho. O Ministério dos Negócios Estrangeiros sueco indicou, por sua vez, que dois seus cidadãos estavam no avião da Spanair.

O avião, que transportava 164 passageiros, incluindo duas crianças, e nove tripulantes, deveria ter descolado do aeroporto pelas 13h00 locais (12h00 em Lisboa) mas só levantou voo às 14h35 (13h45), depois de ter submetido a uma inspecção técnica. A própria Spanair confirmaria mais tarde que o seu aparelho saiu com uma hora de atraso devido a problemas técnicos.

Pouco depois de descolar, um dos motores do lado esquerdo do aparelho ter-se-á incendiado e o avião acabou por despenhar-se na pista 36L, no Terminal 4, provocando um fogo na vegetação próxima da pista. O jornal espanhol “ABC” avançou que o aparelho ter-se-á despenhado após uma segunda tentativa de descolagem. O "El Mundo" adianta, por sua vez, que após a queda o avião partiu-se em dois. Estas informações não foram ainda confirmadas oficialmente.

Pouco depois do acidente, o aeroporto de Barajas foi encerrado por motivos de segurança, tendo sido reaberto a partir das 17h00 (16h00 em Lisboa) e o tráfego aéreo retomado.

A companhia aérea Spanair confirmou em comunicado o acidente com o seu avião que fazia o voo JK 5022, entre Madrid e Las Palmas, e que este assegurava um voo partilhado com a Lufthansa (LH 2554). O aparelho é um MD-82, ex-Korean Air, fabricado pela empresa McDonnell Douglas, e começou a voar em 1993.

A Spanair, a segunda maior companhia aérea espanhola, a seguir à Iberia, accionou um número de emergência para os familiares dos passageiros (0034 800 400 200) e fretou um voo desde as Canárias até Madrid para as famílias das vítimas. No aeroporto de Madrid foi disponibilizada uma sala onde está a ser dado apoio psicológico aos familiares. O Ministério dos Negócios Estrangeiros português disponibilizou também um número (707 202 200) onde podem ser dadas e recebidas informações sobre a possível existência de portugueses entre os passageiros.

O SEPLA, sindicato de pilotos espanhol, citado pelo "El Mundo", veio já assegurar que a tripulação estava "perfeitamente qualificada e tinha uma grande experiência" em operar aparelhos com o modelo acidentado.

O presidente do Governo espanhol, José Luis Rodríguez Zapatero, recebeu a notícia do acidente em Doñana (Huelva), onde se encontrava de férias. Segundo o “El País”, Zapatero tem-se mantido em “permanente contacto” com os ministros do seu Executivo que se encontram no local, sendo esperado que chegue até ao final da tarde ao aeroporto para acompanhar as operações de socorro.