Em Março de 2002, altura em que foi aprovada a Declaração de Impacto Ambiental (DIA) do outlet de Alcochete, Silva Pereira era secretário de Estado do Ordenamento do Território e da Conservação da Natureza, estando na superintendência de José Sócrates, então ministro do Ambiente.

O governante sustentou em Janeiro que os limites da Zona de Protecção Especial (ZPE) do Estuário do Tejo não foram alterados por causa do Freeport, realçando que o projecto obteve a DIA dois meses antes dessas mudanças. Isto porque esta declaração data de Março de 2002 e o decreto-lei que altera os limites da ZPE é de 20 de Maio. "É uma falsa relação", garantiu. Contudo, ambos foram aprovados a 14 de Março, na mesma reunião do Conselho de Ministros.