O autarca é acusado de ter omitido ao fisco e ao Tribunal Constitucional a existência de contas bancárias na Suíça e na Bélgica (KBC Bank). Nessas contas, Isaltino, que já exercia o cargo de presidente da Câmara de Oeiras desde 1986, depositaria dinheiro que, segundo a acusação, lhe era entregue no próprio gabinete. Esse dinheiro seria destinado a pagar favores, nomeadamente o licenciamento de loteamentos e construções e ainda permutas de terrenos. As verbas em causa terão sido depositadas entre Março de 1994 e Abril de 2001.

O Estado, que se apresenta no caso como o principal lesado pelo autarca, reclama cerca de 1,3 milhões de euros. Deste montante, cerca de 700 mil euros dizem respeito ao branqueamento de capitais, enquanto o restante será referente a ilícitos classificados como fraude fiscal.

No mesmo processo, para além de Isaltino Morais, responderão ainda a sua irmã, Floripes, acusada de branquear capitais, o jornalista Fernando Trigo, também por branqueamento e participação em negócio, e os empresários do ramo imobiliário João Algarvio e Mateus Marques, ambos por crimes de corrupção activa.

O autarca, que estaria a utilizar uma conta na Suíça aberta em nome de um sobrinho taxista naquele país, sempre afirmou estar inocente de todas as suspeitas que lhe foram assacadas. No entanto, só em Abril de 2007 terá tomado conhecimento de todo o teor da acusação. Sem nunca entrar em pormenores relativamente aos dados constantes no despacho de pronúncia, o autarca apenas pediu um julgamento "rápido e justo", afirmando estar sempre disponível para colaborar nas averiguações policiais.

O presidente da Câmara de Oeiras disse ainda que os alegados factos que lhe são imputados não passam de "suposições", motivo pelo qual entendia que era preferível ser julgado do que ser alvo de um eventual "arquivamento duvidoso" do processo. "Terei oportunidade de responder a perguntas que nunca me fizeram", disse em Junho do ano passado, depois de o tribunal ter decido pela realização do julgamento.

As suspeitas que recaíam sobre si começaram a ser investigadas depois de Isaltino ter abandonado, em Abril de 2003, a presidência da Câmara de Oeiras para tomar posse como ministro das Cidades, Ordenamento do Território e Ambiente. Era então primeiro-ministro o social-democrata Durão Barroso.

Dois anos depois de ter saído para o Governo, o autarca resolveu voltar a concorrer ao cargo que antes ocupara durante 16 anos. Apresentou-se a eleições como independente, competindo directamente contra um candidato do seu partido de sempre, o PSD, que lhe negou apoio. O resultado da votação voltou a ser-lhe favorável, embora desta vez sem maioria absoluta.