A nomeação deste jurista para o cargo de director do gabinete jurídico do Infarmed levou o deputado do Bloco de Esquerda João Semedo a questionar a ministra da Saúde, Ana Jorge, que, sobre esta questão, manteve um total silêncio. Aproveitando a interpelação promovida pelo PCP ao Governo sobre transparência de políticas públicas, João Semedo questionou a ministra no sentido de saber se "o Governo avalizou a nomeação" de Filipe Azóia para aquele cargo e se "considera compatível o exercício de funções como director do gabinete jurídico do Infarmed com o estatuto de associado de uma sociedade de advogados que presta serviços jurídicos à Associação Nacional de Farmácias [ANF]e a farmácias associadas". A Sociedade de advogados a que estava ligado presta serviços à ANF, nomeadamente de assessoria jurídica em licenciamento e processos litigiosos com o Infarmed.

Em declarações ao PÚBLICO, o deputado do BE disse desconhecer a demissão de Filipe Azóia." Nem sei se tem relação directa ou indirecta com o questionamento feito pelo BE, ao qual, aliás, a ministra da Saúde ainda não respondeu, apesar de já terem passados os 30 dias regimentais". Disse ainda que "o ministério já sabia da situação pelo menos desde o dia 21 de Abril do ano passado", altura em que confrontou a ministra numa audição parlamentar com esta situação" tão evidentemente irregular". Mostrando-se "chocado" com o silêncio do Governo, o deputado manifesta "satisfação com o resultado". E remata com uma máxima: "Todos os passos pela transparência na administração pública são passos importantes".