O pedopsiquiatra, que desde 1997 colaborava com a Casa Pia e que encaminhou para a instituição o jovem que é agora a principal testemunha do processo, demitiu-se da Comissão de Apoio Psicológico para a Intervenção em Crise em Fevereiro de 2005, depois de a juíza Ana Peres ter decidido manter a realização de novas perícias psicológicas às alegadas vítimas.

Na altura, Pedro Strecht anunciou "com tristeza" a "decisão irreversível" de se demitir, mas numa carta dirigida ao então ministro da Segurança Social, da Criança e da Família, Fernando Negrão, garantiu que iria manter o seu trabalho de suporte e intervenção junto de cada um dos jovens.

Na missiva, o pedopsiquiatra explicava que ao longo de mais de dois anos avaliou e prestou apoio médico especializado a dezenas de crianças e adolescentes "vítimas de horríveis crimes de abuso sexual" e defendia a credibilidade dos depoimentos dos jovens.

Esta posição do médico foi contestada pelos advogados de alguns dos arguidos, designadamente do apresentador de televisão Carlos Cruz, que questionou por que motivo, tendo Pedro Strecht seguido alguns alunos casapianos desde 1997, só depois de ter rebentado o escândalo, em Novembro de 2002, detectou situações de abusos sexuais.