O objectivo era substituir a Concordata de 1940, que veio regularizar a situação de conflito entre a Igreja Católica em Portugal e o Estado, depois da instauração da República e da Lei da Separação, de 1911. As negociações para o novo tratado prolongaram-se por cerca de um ano, entre 2001 e 2002, altura em que o texto ficou concluído.

Contudo, e em parte devido à mudança de Governo, a Concordata só foi assinada dois anos depois, em 2004, e desde então, embora tenha entrado em vigor em Dezembro desse ano, têm-se arrastado as negociações para a sua regulamentação. Para especialistas dos dois lados (Governo e Santa Sé) que participaram nas negociações, este atraso é o resultado de um erro de metodologia: assinar e fazer entrar em vigor a Concordata sem estarem regulamentadas as suas disposições.

Os atrasos, atribuídos sobretudo à morosidade da Administração Pública, têm motivado queixas do lado da Igreja, sobretudo no que diz respeito à Comissão Bilateral, a qual tem por objectivo a "salvaguarda, valorização e fruição" dos bens da Igreja, nomeadamente através do apoio do Estado e instituições públicas na sua identificação, conservação, segurança, restauro e funcionamento. Esta comissão só se reuniu ainda uma vez, resultando infrutíferas as tentativas por parte da Igreja portuguesa em conseguir marcar reuniões.

Por regulamentar está ainda a questão da assistência religiosa (mais conhecida por capelanias) nos hospitais, prisões, forças de segurança e nos centros educativos. As propostas de regulamentação partem dos vários ministérios e são analisadas pela Conferência Episcopal Portuguesa. Uma vez aceites, os documentos são levados à Comissão Paritária, estrutura criada pela Concordata na qual têm assento representantes dos dois lados e que tem por missão verificar se o diploma regulamentar está de acordo com o espírito do tratado.

A Conferência Episcopal rejeitou recentemente os textos que lhe foram apresentados pelo Governo em matéria de capelanias militares e prisionais, referindo que a proposta relativa às capelanias hospitalares ainda precisa de alterações, embora se preveja para breve um acordo. O Governo já aprovou em finais de Abril a regulamentação da transposição para a parte civil da anulação canónica do casamento católico, outra das matérias concordatárias que necessitava de regulamentação.

Em termos gerais, uma Concordata é um tratado internacional entre dois Estados, embora o termo tenha sido usado num sentido mais restrito, aplicado aos acordos assinados entre a Santa Sé, enquanto entidade soberana juridicamente reconhecida, e os Estados.