João Teotónio Pereira começou a sua vida profissional como jornalista na Rádio Renascença, e ingressou na carreira diplomática em 1988, tendo passado pelas missões de Portugal em Roma e Belgrado.

Foi adjunto diplomático do Ministério da Defesa, durante os consulados de Rui Pena, do PS, e de Paulo Portas, do governo de coligação PSD-CDS, nos governos de Durão Barroso e Santana Lopes (2002-2005), tendo posteriormente sido nomeado cônsul-geral em Paris, onde permaneceu durante cinco anos. Foi também director-geral dos Assuntos Consulares. Cerca de um ano depois, com o novo Governo PSD/CDS-PP, assumiu funções como chefe de gabinete de Paulo Portas, agora como ministro de Estado e dos Negócios Estrangeiros.

João Teotónio Pereira era casado e tinha dois filhos. Há muitos anos que era amigo próximo de Paulo Portas.