O diploma assegura "as tradicionais atribuições e competências" do Ministério da Defesa e a separação entre os seus órgãos e serviços centrais e a estrutura das Forças Armadas, mas introduz também alterações, refere o comunicado final da reunião do executivo.

A nova lei orgânica centraliza as funções de suporte da Secretaria-Geral do Ministério, criando neste âmbito uma "estrutura coordenadora dos sistemas de informação e das tecnologias de informação e comunicação" para responder às determinações do Programa de Reestruturação da Administração Central do Estado (PRACE).

Além disso, são reforçadas as atribuições da Direcção-Geral de Política de Defesa Nacional, nomeadamente em termos de planeamento, estudo e elaboração de propostas de orientação, ao nível político-estratégico, acompanhamento da sua execução, bem como em termos de promoção e coordenação da política de cooperação técnico-militar.

Outra novidade é a extinção da Direcção-Geral de Infra-Estruturas e da Direcção-Geral de Armamento, que são fundidas numa nova direcção-geral com a missão de "conceber, propor, coordenar, executar e apoiar as actividades relativas ao património, às infra-estruturas, ao armamento e aos equipamentos de defesa necessários ao cumprimento das missões de Defesa Nacional".

Ainda no âmbito do novo diploma, são criados dois órgãos colegiais para coordenar e acompanhar as respectivas políticas sectoriais: o Conselho do Ensino Superior e o Conselho da Saúde Militar.

Paralelamente, o Instituto de Defesa Nacional (IDN) é consagrado como "uma entidade de apoio à formulação do pensamento estratégico nacional", no qual se integra, "como unidade orgânica dotada de autonomia funcional", a Comissão Portuguesa de História Militar.

Em Julho de 2006, o Conselho de Ministros aprovou os decretos referentes às novas leis orgânicas dos ministérios, num processo que decorre da aplicação do Programa de Reestruturação da Administração Central do Estado (PRACE).

Apenas o decreto da lei orgânica do Ministério da Defesa Nacional não foi, então, aprovado, circunstância que foi justificada com o facto de este ser um departamento do Estado com "um calendário autónomo, resultante do regime jurídico das Forças Armadas".