O painel será liderado pelo primeiro-ministro neo-zelandês Geoffrey Palmer e pelo Presidente cessante Alvaro Uribe, segundo um comunicado do gabinete do próprio Ban Ki-moon. É o segundo criado por instituições da ONU, sendo que o primeiro, vindo da Comissão de Direitos Humanos, não é reconhecido por Israel e foi tratado com bastante discrição pelas próprias Nações Unidas, que nem o anunciaram no seu site.

O Estado hebraico já afirmou que irá cooperar com esta investigação e irá permitir o acesso aos trabalhos das duas investigações de comissões israelitas diferentes sobre o incidente, assim como a legalidade da acção em águas internacionais. A investigação militar já terminou e a civil que se debruça sobre a legalidade está ainda em curso.

A 31 de Maio, comandos israelitas abordaram várias embarcações de uma pequena frota para as impedir de furarem o cerco naval à Faixa de Gaza. Num dos navios houve resistência e morreram nove cidadãos turcos. Israel diz que agiu em autodefesa. O caso provocou indignação internacional e levou o Estado hebraico a aliviar o bloqueio a Gaza.

Enquanto isso, o Israel expressou preocupações de que a Turquia, antes um aliado próximo, possa partilhar segredos de espionagem e militares de Israel com o Irão.

Segundo a agência Reuters, a preocupação veio a público depois de jornais citarem comentários feitos em privado pelo ministro da defesa, Ehud Barak – e a sua divulgação questionar a possibilidade, ou vontade, de Israel, conseguir uma reconciliação com a Turquia. Ancara tem insistido em que Telavive peça desculpas pelo incidente, pague indemnizações às famílias das vítimas e aceita uma comissão internacional ao incidente.

O cúmulo da fricção entre Turquia e Israel foi o incidente da flotilha, mas tensões vinham já especialmente com as críticas turcas à operação militar israelita na Faixa de Gaza do final de 2008.

A participação de Israel no inquérito internacional da ONU terá, aliás, a ver com o resultado do inquérito Goldstone sobre esta intervenção da Faixa de Gaza em morreram mais de 1400 palestinianos (e 13 israelitas) que o Estado judaico foi acusado de crimes de guerra.

Israel recusou-se participar na investigação e agora os responsáveis acham que é mais vantajoso participar para dar a conhecer o seu lado da história. “Israel não tem nada a esconder”, comentou o primeiro-ministro, Benjamin Netanyahu, após uma conversa com Ban, citado no site do diário "Yeditoh Aharonoth". “É precisamente o contrário: o interesse nacional do Estado de Israel é assegurar que a verdade factual de todo incidente seja conhecida no mundo”.