O projecto do Plano Tecnológico do Governo, que tem em Carlos Zorrinho o terceiro responsável, tem suscitado muitas críticas da oposição devido às mudanças na sua condução.

Inicialmente o responsável era José Tavares, que pediu a demissão em meados de Novembro. No dia 17 desse mês, Manuel Pinho anunciou que o novo coordenador seria Miguel Lebre de Freitas e, menos de um mês depois, o papel foi assumido por Carlos Zorrinho.

Na altura, o CDS-PP tinha pedido a presença no Parlamento de Manuel Pinho, de José Tavares e do ministro da Ciência, Tecnologia e do Ensino Superior, Mariano Gago.

No entanto, perante a disponibilidade de Manuel Pinho para prestar esclarecimentos aos deputados, o partido adiou a chamada dos outros responsáveis.

No dia 24 de Novembro, o Governo aprovou em Conselho de Ministros o Plano Tecnológico, cuja tutela passou de Manuel Pinho para o primeiro-ministro, José Sócrates.

O documento, que o Governo considera estratégico para o crescimento económico e para a modernização do país, direcciona-se para três grandes áreas: conhecimento, tecnologia e inovação.