No fim de 2008 a câmara aprovou, por maioria, um parecer prévio favorável condicionado ao projecto. A principal objecção do executivo prendeu-se com o silo automóvel de 23 metros de altura que o arquitecto Paulo Mendes da Rocha queria erguer do lado do rio, ligado ao edifício do museu por uma passagem aérea por cima da linha do comboio.

A nova versão do projecto já não contempla o silo automóvel, passando o museu a incluir um pavilhão de exposições, um anexo para os serviços administrativos e uma passagem aérea pedonal e ciclável até junto da estação fluvial de Belém, além de um parque de estacionamento de superfície com 43 lugares.

O PCP diz que "persiste a indefinição das infra-estruturas, o tratamento dos espaços públicos e sobretudo o sistema viário e as condições de circulação", pelo que pede que não seja dado parecer favorável. O partido, cujos representantes na Assembleia da República já defenderam a "suspensão imediata" da construção do museu, apela ainda à promoção de iniciativas públicas de debate.

Já os Cidadãos por Lisboa defendem que a autarquia "não deve precipitar-se a dar um qualquer parecer sobre este projecto, mas sim, dada a sua relevância, determinar que ele seja submetido a consulta e audição pública", junto dos cidadãos e de entidades associativas, cívicas e profissionais. A vereadora Helena Roseta afirma que a Frente Tejo "não tem seguido os preceitos legais que obrigam à existência de concursos públicos para a adjudicação de projectos de obras públicas", sublinhando que na actuação da sociedade persiste "uma contradição de fundo": ou a Frente Tejo é uma entidade pública "e então tem de se submeter ao Código da Contratação Pública" ou é uma empresa de direito privado "e então não está isenta de licença nem de parecer vinculativo" da Câmara de Lisboa.