Por um lado, se o processo não prescrever entretanto, terá de voltar a ser julgado por corrupção passiva. Foi condenado em primeira instância por esse crime, em 2009, mas a Relação mandou repetir o julgamento.

Por outro lado, o autarca é suspeito da prática de vários crimes no caso dos terrenos da Aldeia do Meco, concelho de Sesimbra, no âmbito do qual foi consituído arguido em Outubro do ano passado.

O processo está a ser investigado pelo Ministério Público desde há vários anos, tendo levado, em Fevereiro de 2008, à realização de buscas à imobiliária Pelicano e à Câmara de Sesimbra. No centro da investigação encontram-se as circunstâncias que levaram Isaltino Morais, então ministro do Ambiente de Durão Barroso, a celebrar, em 2003, um acordo com a Pelicano, empresa controlada por Joaquim Mendes Duarte - um empresário com muitas ligações a Oeiras -, relacionado com a possibilidade de construir uma megaurbanização na Mata de Sesimbra, área então vedada à construção.

O acordo residiu na troca dos direitos de construção que uma empresa alemã detinha numa zona do litoral do Meco pela possibilidade de construir na mata de Sesimbra, mediante o abandono do projecto do Meco. A empresa Pelicano, com o apoio do Grupo Espírito Santo, tinha, por seu lado, negociado com os alemães os direitos que estes ali detinham.