Segundo uma nota da Procuradoria-Geral da República (PGR), os arguidos são acusados da prática de crimes de "associação criminosa, fraude fiscal qualificada, abuso de confiança qualificada, falsificação de documento, burla qualificada, corrupção activa/passiva, corrupção no sector privado, branqueamento, recepção ilícita de depósitos". O MP, em representação do Estado, deduziu ainda pedido de indemnização cível "contra cinco demandados, de montante superior a um milhão de euros, promovendo-se o arresto de bens imóveis".

O inquérito foi dirigido pelo Departamento de Investigação e Acção Penal (DIAP) de Lisboa na sequência de uma investigação realizada pela Polícia Judiciária, tendo o mesmo sido constituído por 70 volumes e 1000 apensos.

A crise na Universidade Independente começou com suspeitas de irregularidades no funcionamento da instituição, tendo-se verificado em Fevereiro de 2007 sucessivas reviravoltas no controlo da instituição e da empresa que a detinha, a SIDES, disputadas por duas facções em litígio.

A instituição acabou por ser encerrada a 31 de Outubro de 2007, por decisão do Ministro do Ensino Superior, na sequência de dois processos: um de caducidade de reconhecimento de interesse público e outro de encerramento compulsivo por manifesta degradação pedagógica. No desenrolar da investigação, chegaram a estar em prisão preventiva o ex-vice reitor Rui Verde e o director da SIDES (empresa gestora da universidade) Amadeu Lima de Carvalho. Outro dos arguidos, o antigo reitor Luís Arouca, ficou a aguardar o desenrolar do processo em liberdade mediante caução.