O Ministério da Educação permitiu excepcionalmente aos alunos que realizaram as provas relativas aos programas novos de Química e Física a repetição dos exames na segunda fase, contando a melhor das classificações obtidas para a candidatura à primeira fase de acesso ao ensino superior.

A contestação a este regime excepcional marcou a segunda fase das provas, tendo até motivado a realização de um debate de urgência na Assembleia da República, no qual a ministra da Educação foi duramente criticada por todos os partidos da oposição, que acusaram Maria de Lurdes Rodrigues de não conseguir fundamentar a decisão tomada.

Para a segunda fase, que começou a 19 de Julho, inscreveram-se 261.893 alunos, sendo afixados os resultados a 4 de Agosto.

A classificação nos exames nacionais vale 30 por cento para a nota final das disciplinas e oscila entre os 35 e os 50 por cento para a nota de candidatura ao ensino superior.

Na primeira fase de exames nacionais do secundário, que decorreu de 19 de Junho a 4 de Julho, as médias desceram nas maioria das provas, com Matemática a surgir mais uma vez no fim da tabela, registando apenas 5,9 valores de média, menos um do que em 2005.