"Para além de ilegal, a institucionalização do financiamento intercalar à medida das necessidades (...) constitui, sem sombra de dúvida, um princípio de má gestão e um convite à gestão danosa", declarou o reitor, na cerimónia de abertura das aulas na Universidade de Coimbra. Na opinião de Seabra Santos, o financiamento intercalar "desincentiva a angariação de receitas próprias".

O reitor advertiu que o financiamento previsto na proposta de Orçamento de Estado para 2009 agravará as "insustentáveis dificuldades financeiras" de um "número crescente de universidades públicas", que terão de recorrer, "com o conhecimento do Ministério, a práticas de sub-orçamentação". "O que significa que a fórmula de financiamento e o próprio princípio do financiamento por fórmula, a que o Governo está obrigado por força da lei, entraram no domínio da ficção", disse.

No entender do catedrático que preside actualmente ao Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas, "até agora, o estrangulamento financeiro a que estão sujeitas as universidades públicas não teve nenhum resultado positivo". É visível "apenas a consequência negativa, e esperável, da anulação da autonomia das universidades que não conseguiram evitar a ruptura financeira, e a de as colocar na dependência de boas-vontades casuísticas e intercalares", acrescentou.

"Quero acreditar que não é isso que se pretende: reduzir as universidades públicas a simples direcções-gerais ou transformá-las em fundações de direito privado sem capital, que só poderão sobreviver à custa de operações imobiliárias ou de especulação financeira", disse.

Seabra Santos recusa que a redução das dotações orçamentais atribuídas às universidades seja "justificada com alegada má gestão, por vezes associada à ruptura financeira de algumas universidades e à celebração de famosos contratos de saneamento financeiro". O reitor sustentou que "a nível de financiamento público de 2005, em percentagem do PIB, nenhuma delas (universidades) teria entrado em ruptura financeira, ou seja, a alegada má gestão é consequência inevitável (e esperável) do sub-financiamento e não a sua causa".