O conselho de administração é composto por Diogo de Lucena, Isabel Mota, Eduardo Marçal Grilo, Teresa Gouveia, Martin Essayan, Eduardo Lourenço, André Gonçalves Pereira e Artur Santos Silva, sendo os três últimos administradores não executivos.

Emílio Rui Vilar, 67 anos, é presidente da Gulbenkian desde 2 de Maio de 2002.

Em Julho do ano passado, quando se realizou a sessão solene que assinalou os 50 anos da fundação, Rui Vilar apontou a solidez financeira da instituição e enunciou os compromissos para o futuro. "O nosso compromisso com o futuro vai no sentido de continuarmos a ser uma instituição de referência", disse.

Os cinco anos do actual mandato de Rui Vilar ficaram marcados por acontecimentos na fundação, como o êxito recente da exposição sobre o pintor Amadeo Souza-Cardoso e o fim, em 2005, do Ballet Gulbenkian, um dos serviços emblemáticos ao longo de 40 anos.