A instrução é uma fase facultativa do processo penal que pretende avaliar se há indícios suficientes para levar uma pessoa acusada de um crime a julgamento. O que se pretende não é fazer um pré-julgamento, sendo as diligências de provas limitadas. O juiz de instrução terá apenas que decidir se é mais provável que o suspeito ou suspeitos sejam condenados ou absolvidos. Por isso, tem poderes amplos para aceitar ou recusar as diligências pedidas pelas defesas, não podendo estas recorrer destes despachos. No caso do juiz concluir que é mais provável serem condenados o caso segue para julgamento e, no caso contrário, o processo é encerrado. A decisão instrutória pode ser de pronúncia (arguido é julgado) ou de não-pronúncia (caso é arquivado). Se o tribunal validar integralmente a acusação, a decisão do juiz de instrução não pode ser objecto de recurso. Já se os arguidos não forem levados a julgamento, o Ministério Público pode recorrer para os tribunais da Relação.

Um mesmo arguido pode ser levado a julgamento por uns crimes e não por outros. Também pode pronunciar apenas uma parte dos suspeitos. Em processos como a Operação Marquês, que tem 28 arguidos acusados, nem todos precisam de pedir a abertura da instrução. Basta haver um arguido a fazê-lo para esta fase se realizar. No entanto, quem não pedir a instrução fica muito limitado na participação nesta fase, não podendo, por exemplo, pedir diligências de prova.

No entanto, se as questões levantadas por um dos requerentes da instrução abarcarem outros arguidos que não pediram esta fase, os mesmos podem retirar efeitos úteis da decisão que beneficiar os primeiros. 

Normalmente esta fase não demora mais do que alguns meses. A instrução do processo de corrupção Face Oculta que tinha mais de 30 arguidos, incluindo Vara, demorou menos de três meses. No entanto, a Operação Marquês tem sido um processo com muitos incidentes e recursos, o que pode atrasar a decisão. O juiz que calhar também pode ter impacto nisso. Se a instrução ficar a cargo de Ivo Rosa será natural que o juiz necessite de mais tempo para se inteirar deste processo gigante, com mais de 120 volumes e centenas de apensos.